Ngày 25 tháng 02 năm 2013, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam ban hành Quyết định số 210/QĐ-VHL Quyết định ban hành Quy chế Tổ chức và hoạt động của Viện Công nghệ môi trường. Theo đó, Viện Công nghệ môi trường là đơn vị sự nghiệp nghiên cứu khoa học trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, có chức năng, nhiệm vụ:
1. Chức năng:
Nghiên cứu cơ bản, phát triển công nghệ, dịch vụ khoa học và công nghệ và đào tạo nguồn nhân lực có trình độ cao trong lĩnh vực công nghệ môi trường và các lĩnh vực khác có liên quan theo quy định của pháp luật.
2. Nhiệm vụ:
a) Nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng trong lĩnh vực khoa học và công nghệ môi trường;
b) Triển khai, ứng dụng và chuyển giao các kết quả nghiên cứu, các quy trình công nghệ vào thực tiễn, phục vụ công tác bảo vệ môi trường và phát triển bền vững.
c) Triển khai dịch vụ khoa học, công nghệ trong lĩnh vực phân tích, đánh giá, dự báo, xử lý, cải thiện, quy hoạch môi trường và các lĩnh vực khoa học khác có liên quan;
d) Đào tạo nguồn nhân lực có trình độ cao trong lĩnh vực khoa học và công nghệ môi trường và các lĩnh vực khoa học khác có liên quan;
e) Hợp tác quốc tế trong lĩnh vực công nghệ môi trường và các lĩnh vực khoa học khác có liên quan;
g) Quản lý về tổ chức, bộ máy; quản lý và sử dụng cán bộ, công chức, viên chức của đơn vị theo quy định của Nhà nước và của Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam;
h) Quản lý về tài chính, tài sản của đơn vị theo quy định của Nhà nước;
i) Thực hiện các nhiệm vụ khác do Chủ tịch Viện giao.